院徽中心设置以象征学习研究的放大镜为造型，两道弧线简练而颇具生动。放大镜有“关注”及“研究”之意，这个图形符号简约地构成了一种眼光，一种紧扣以东南亚（南洋）地域为主体，最终达全球的专注目光，体现了一种博大且精深的治学态度。“1956”更代表了研究院的历史和学术沉淀。底图的颜色充分显示了东南亚（南洋）研究中离不开与蓝色海洋的关系。
